人才培养是一所大学发展的基石，复旦大学坚持把本科教育摆在发展首位。学校现行的本科教学体系奠基于20世纪80年代。1990年代，学校提出“宽口径、厚基础、重能力、求创新”的理念，通过不断改革，逐步构建了以综合、文理基础和专业教育三大板块为内容的教学体系。进入新世纪，学校推出文理教育改革方案。根据方案，2005年成立了复旦学院，开始全面探索面向全体学生的通识教育人才培养模式；2006年，在全国率先“破冰”，实施本科招生自主选拔录取改革，力图实现通识教育培养过程和人才选拔的对接。在新的历史条件下，学校进一步明确提出，要着眼国家和民族的未来，培养具有人文情怀、科学精神、国际视野、专业素养的领袖人才。
作为综合性大学，学校目前共设有70个本科专业，涵盖文学、哲学、历史学、法学、经济学、管理学、理学、工学、医学、艺术学等10大学科门类的33个一级学科，形成了多学科交叉渗透、基础学科与应用学科协调发展的格局。目前共有全日制本科生1.41万人、专科生710人，其中普通本科生1.23万人，留学生1800多人。留学生来自70个国家，占本科生数的14.8%。本科生占全日制在校生比例为46.3%。
复旦本科阶段的课程结构由通识教育、文理基础和专业教育三大板块组成。通识教育课程包括核心课程、专项教育课程和选修课程。文理基础课程设置人文、社会科学、经管、 数学、自然科学、技术科学和医学七组，为学生提供基础性、公共性和学术性的宽口径专业教育。专业教育课程由专业必修和选修课程组成。目前，本科教学年开课种类3100余门、开课量5650门次，生均拥有课程0.46门次，班级规模在30人以下的课程达到总量的54%以上，开设全英文课程超过180门次，在全国高校中居领先位置。
学校非常强调本科阶段的学术创新和实践教学。复旦的本科生学术研究资助平台每年资助近500名学生独立开展创新性的学术研究活动。学校与境外的195所大学开展学生交流，本科期间参加国际访学的学生占总数的40%。学校每年资助的学生社会实践项目超过400个、社团310多个。此外，学生还可接受系统的创业培训和项目扶持。
复旦学院（本科生院）负责统筹管理全校本科教育教学工作。
自主招生改革复旦大学2002年在全国首批开始自主选拔录取改革试点。2006年起，经教育部批准，在上海、江苏和浙江开始自主选拔改革录取试验，学生经过学业水平测试、申请入学和面试，获得预录取资格。详请参见：本科生招生网、复旦招生微博。
望道计划2010年起，复旦大学在文、理、医的基础学科开始实施“基础学科拔尖学生培养试验计划实施方案”（简称“望道计划”），带动各学科创新人才培养模式的探索。计划配置了基础课程平行班、探究研讨式课程、专业基础课、专题研究、学术研究资助和国际交流六个平台，对全校申请加入的本科生进行个性化培养。
本科生学术研究资助计划本科生学术研究资助计划（FDUROP，Fudan's Undergraduate Research Opportunities Program）是为支持本科学生参与学术研究而搭建的平台，目前包括三个项目，分别是政项目、望道项目、曦源项目。FDUROP给本科生提供了展示自己创新思想的机会。
教师教学发展中心复旦大学教师教学发展中心的功能是促进研究型、创新型教学模式的培育，促进大学教学研究的精细化，促进全校跨学科教师学习共同体的构建，促进教育质量的全面管理。中心由主管教学的副校长任主任，开展教师培训、教学研究、咨询评估等工作。学校教师发展委员会和教学督导共同为推进教师教学发展提供智力支持。
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